Trong số 10 đồng vị của berili thì chỉ có 9Be là ổn định.10Be nguồn gốc vũ trụ được tạo ra trong khí quyển Trái Đất nhờ sự phá vỡ hạt nhân ôxy và nitơ bởi các tia vũ trụ. Do berili có xu hướng tồn tại trong dung dịch có pH nhỏ hơn 5,5 (và phần lớn nước mưa có pH nhỏ hơn 5), nó sẽ đi vào trong dung dịch và được đưa tới mặt đất nhờ các trận mưa. Khi nước mưa trở thành kiềm hơn, Be sẽ thoát ra khỏi dung dịch.10Be nguồn gốc vũ trụ vì thế tích lũy trong lớp đất bề mặt, ở đây do chu kỳ bán rã tương đối lớn của nó (1,51 triệu năm) cho phép nó tồn tại lâu dài trước khi bị phân rã thành 10B.10Be và các sản phẩm con của nó được sử dụng để nghiên cứu xói mòn đất, sự hình thành đất từ regolit, sự phát triển và tiến hóa của các loại đất laterit, cũng như các thay đổi trong hoạt động của Mặt Trời và niên đại của các lõi băng.

Một thực tế là 7Be và 8Be không ổn định có ý nghĩa vũ trụ học sâu sắc do nó có nghĩa là các nguyên tố nặng hơn berili không thể sinh ra trong các phản ứng nhiệt hạch trong Vụ Nổ Lớn. Ngoài ra, các mức năng lượng hạt nhân của 8Be là đủ để cacbon có thể được tạo ra trong các ngôi sao, vì thế làm cho sự sống trở thành có thể. (Xem Phương thức ba alpha và Tổng hợp hạt nhân trong Vụ Nổ Lớn).

Đồng vị có thời gian tồn tại ngắn nhất đã biết của berili là 13Be nó phân rã theo bức xạ nơtron. Nó có chu kỳ bán rã 2,7 × 10−21 giây.6Be cũng có thời gian tồn tại rất ngắn với chu kỳ bán rã 5,0 × 10−21 giây.